Data supplement to: Wen X, Fuhrman S, Michaels GS, Carr DB, Smith S, Barker JL, Somogyi R (1998) Large-Scale Temporal Gene Expression Mapping of CNS Development. Proc Natl Acad Sci USA, 95:334-339. html file; pdf file. ------------------------------------------------------------------------ This is public data available for downloading. The authors welcome your interest in this work, and would appreciate your contacting us for your comments or any questions on the analysis of this data. ------------------------------------------------------------------------ Gene Expression Matrix of Rat Cervical Spinal Cord Development * Raw ratiometric RT-PCR data from triplicate experiments ± SEM. * File format: html table. View file in alternative text format. ------------------------------------------------------------------------ For more information, please contact: Roland Somogyi, Ph.D. Molecular Physiology of CNS Development LNP/NINDS/NIH Bldg.36/Rm.2C02 Bethesda, MD 20892 phone: 301-402-1407 fax: 301-402-1565 email: rolands@helix.nih.gov W3: http://rsb.info.nih.gov/mol-physiol/homepage.html ------------------------------------------------------------------------ Footnotes: * K. Ishii, Y. Oda, T. Ichikawa, and T. Deguchi, Molec. Brain Res. 7, 151 (1990) # M. Krestchatisky, Neuron 3, 745 (1989) Ý M. Krestchatisky, J. Neurochem. 56, 1717 (1991) § W. Wisden, A. Herb, H. Wieland, K. Keinanen, H. Luddens, and P. H. Seeburg, FEBS Lett. 289, 227 (1991) I I Multiplex arbitrarily-primed PCR products ------------------------------------------------------------------------ E11 E13 E15 E18 E21 P0 P7 P14 A gene GB locus 1.70±0.03 0.34±0.09 0.52±0.13 0.40±0.08 0.68±0.33 0.46±0.21 0.32±0.10 0.08±0.11 0.00±0.00 keratin RNKER19 5.75±0.69 4.41±0.40 1.19±0.15 2.13±0.04 2.30±0.06 2.53±0.19 3.89±0.12 3.95±0.43 2.72±0.20 cellubrevin s63830 2.53±0.17 3.27±0.49 5.20±0.12 2.80±0.17 1.50±0.10 1.12±0.10 0.53±0.02 0.51±0.04 0.44±0.03 nestin RATNESTIN 0.04±0.00 0.51±0.04 1.55±0.13 1.65±0.14 1.66±0.10 1.49±0.11 1.43±0.06 1.58±0.05 1.89±0.04 MAP2 RATMAP2 0.87±0.04 1.49±0.04 1.67±0.07 1.93±0.07 2.32±0.32 2.29±0.16 1.86±0.10 1.87±0.03 2.39±0.16 GAP43 RATGAP43 0.06±0.02 0.16±0.02 0.51±0.00 0.92±0.19 0.96±0.06 0.86±0.07 0.49±0.03 0.40±0.11 0.38±0.04 L1 S55536 0.48±0.05 5.59±0.38 6.71±0.07 9.84±1.93 9.78±0.00 13.46±2.66 14.92±0.81 7.86±0.02 4.48±0.44 NFL RATNFL 0.57±0.11 3.37±0.43 5.15±0.35 4.09±1.22 4.54±0.92 7.03±0.30 6.68±0.82 13.59±2.51 27.69±3.12 NFM RATNFM 0.16±0.06 0.14±0.01 0.54±0.35 1.14±0.21 1.55±0.33 1.66±0.17 1.92±0.09 4.05±0.18 3.85±0.49 NFH RATNFHPEP 0.20±0.05 0.63±0.06 1.57±0.21 1.47±0.06 1.94±0.08 2.00±0.05 2.38±0.31 2.19±0.21 1.75±0.07 synaptophysin RNSYN 0.27±0.00 0.70±0.04 1.41±0.19 1.46±0.09 1.86±0.21 1.55±0.06 1.63±0.09 1.58±0.16 1.51±0.12 neno RATENONS 0.05±0.02 0.01±0.01 0.49±0.11 1.30±0.03 1.48±0.17 1.35±0.07 1.43±0.08 2.27±0.35 2.16±0.09 S100 beta RATS100B 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.29±0.02 2.70±0.15 3.73±0.31 8.70±0.45 7.45±0.63 6.54±0.57 GFAP RNU03700 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.01±0.02 0.38±0.05 1.46±0.02 2.08±0.10 1.81±0.16 MOG RATMOG 0.35±0.13 1.11±0.07 2.53±0.09 3.80±0.58 3.21±0.92 2.79±0.02 2.67±0.21 2.32±0.07 2.35±0.21 GAD65 RATGAD65 0.07±0.03 0.18±0.00 1.17±0.21 1.43±0.16 1.44±0.03 1.38±0.03 1.16±0.04 1.00±0.13 0.98±0.05 pre-GAD67 RATGAD67 0.29±0.07 0.30±0.07 1.06±0.16 2.79±0.26 3.57±0.72 3.18±0.12 2.60±0.14 2.30±0.17 2.07±0.09 GAD67 RATGAD67 0.76±0.07 1.38±0.30 2.35±0.30 1.88±0.30 1.33±0.22 1.00±0.02 0.66±0.08 0.56±0.07 0.30±0.04 G67I80/86 RATGAD67 0.07±0.01 0.20±0.04 0.64±0.01 0.76±0.14 0.40±0.06 0.20±0.02 0.05±0.02 0.02±0.02 0.00±0.00 G67I86 RATGAD67 0.83±0.19 1.07±0.11 5.68±0.07 3.86±0.24 4.78±0.16 4.70±0.21 4.87±0.19 4.60±0.11 4.67±0.19 GAT1 RATGABAT 0.00±0.00 0.02±0.02 0.36±0.09 0.32±0.02 0.66±0.03 0.59±0.07 0.79±0.05 1.01±0.15 1.42±0.14 ChAT (*) 0.17±0.04 0.42±0.05 1.63±0.60 2.72±0.14 3.27±0.39 3.51±0.09 4.21±0.30 3.88±0.95 3.95±0.00 ACHE S50879 1.84±0.13 2.00±0.03 1.80±0.13 1.61±0.08 1.56±0.09 1.56±0.05 1.39±0.04 1.31±0.04 1.11±0.00 ODC RATODC 0.63±0.03 1.22±0.05 1.00±0.07 0.80±0.11 0.65±0.14 0.69±0.11 0.23±0.00 0.28±0.07 0.00±0.00 TH RATTOHA 0.05±0.01 0.14±0.01 0.67±0.25 0.63±0.10 0.86±0.10 0.92±0.06 0.79±0.02 0.64±0.06 0.44±0.08 NOS RRBNOS 0.45±0.04 0.62±0.06 0.80±0.02 0.97±0.12 1.02±0.01 1.18±0.02 1.29±0.07 1.46±0.09 1.51±0.01 GRa1 (#) 0.02±0.01 0.14±0.05 1.50±0.69 2.04±0.60 2.05±0.33 2.26±0.43 2.01±0.54 2.39±0.42 2.56±0.42 GRa2 (Ý) 0.28±0.01 0.27±0.02 1.48±0.22 1.65±0.27 1.51±0.14 1.30±0.11 1.05±0.03 1.39±0.23 1.21±0.11 GRa3 RNGABAA 0.02±0.03 0.31±0.05 0.88±0.12 1.33±0.11 1.65±0.01 1.54±0.08 1.10±0.19 0.87±0.26 0.36±0.05 GRa4 (§) 0.15±0.04 0.14±0.01 1.37±0.42 2.37±0.18 2.47±0.07 2.37±0.18 2.10±0.04 2.53±0.22 2.21±0.18 GRa5 (#) 0.00±0.00 0.00±0.00 1.26±0.14 2.23±0.39 2.17±0.25 2.05±0.15 2.09±0.14 3.84±0.58 1.94±0.39 GRb1 RATGARB1 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 1.37±0.15 0.79±0.01 0.90±0.02 0.91±0.12 0.37±0.08 0.23±0.07 GRb2 RATGARB2 0.51±0.04 0.69±0.05 1.41±0.23 1.41±0.09 1.53±0.09 1.50±0.02 1.32±0.01 1.90±0.06 1.09±0.13 GRb3 RATGARB3 0.13±0.18 0.40±0.11 2.83±0.91 6.16±1.06 5.89±0.43 7.20±0.50 6.80±0.50 12.01±1.38 12.34±2.22 GRg1 RNGABA 0.00±0.00 1.19±0.02 2.72±0.16 3.09±0.15 2.99±0.13 2.34±0.29 1.99±0.08 2.42±0.12 3.71±1.18 GRg2 (#) 0.33±0.02 0.46±0.17 1.35±0.21 2.15±0.06 2.52±0.16 2.32±0.22 1.73±0.20 1.85±0.14 1.54±0.15 GRg3 RATGABAA 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.11±0.02 0.12±0.07 0.14±0.03 0.10±0.02 0.25±0.12 0.56±0.07 mGluR1 RATGPCGR 0.00±0.00 0.15±0.05 0.13±0.00 0.31±0.06 0.30±0.00 0.36±0.05 0.27±0.07 0.04±0.02 0.09±0.02 mGluR2 RATMGLURB 0.02±0.01 0.07±0.01 0.42±0.10 0.83±0.03 0.94±0.03 0.82±0.00 0.69±0.01 0.97±0.06 1.05±0.03 mGluR3 RATMGLURC 0.00±0.00 0.00±0.00 0.03±0.02 0.06±0.01 0.19±0.02 0.21±0.02 0.15±0.02 0.08±0.01 0.11±0.01 mGluR4 RATMGLUR4B 0.00±0.00 0.00±0.00 0.69±0.07 4.45±0.92 3.57±0.34 3.37±0.13 3.24±0.48 2.22±0.17 2.72±0.59 mGluR5 RATMGLUR 0.00±0.00 0.06±0.02 0.28±0.04 0.30±0.01 0.40±0.04 0.44±0.04 0.21±0.02 0.04±0.02 0.08±0.02 mGluR6 RATMGLUR6. 0.00±0.00 0.24±0.06 0.63±0.20 1.79±0.16 1.88±0.10 1.79±0.02 1.32±0.24 2.05±0.10 1.55±0.13 mGluR7 RNU06832 0.06±0.01 0.00±0.00 0.30±0.01 0.26±0.03 0.29±0.02 0.25±0.03 0.15±0.02 0.15±0.02 0.10±0.01 mGluR8 MMU17252 0.00±0.00 0.00±0.00 1.67±0.36 9.01±0.26 7.54±0.38 7.96±0.75 7.83±0.58 3.90±0.37 4.48±0.49 NMDA1 RNMDA 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.04±0.03 0.09±0.02 0.24±0.07 0.63±0.12 NMDA2A RATNMDA2A 0.07±0.01 0.00±0.00 0.46±0.10 0.69±0.10 0.67±0.08 0.64±0.07 0.46±0.03 0.76±0.20 0.94±0.17 NMDA2B RATNMDA2B 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.34±0.05 0.61±0.07 0.90±0.09 0.53±0.05 0.19±0.02 0.31±0.07 NMDA2C RATNMCA2C 0.55±0.06 0.51±0.08 0.27±0.00 0.62±0.08 0.81±0.08 0.82±0.01 0.41±0.07 0.26±0.03 0.18±0.03 NMDA2D RNU08260 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.06±0.01 0.14±0.02 0.16±0.00 0.13±0.03 0.11±0.02 0.08±0.00 nAChRa2 RATNNAR 0.01±0.02 0.10±0.07 0.64±0.11 0.41±0.11 0.60±0.05 0.68±0.02 0.40±0.02 0.32±0.07 0.17±0.02 nAChRa3 RNACHRAR 0.10±0.03 0.50±0.04 0.72±0.11 0.50±0.04 0.64±0.01 0.61±0.05 0.49±0.02 0.44±0.10 0.10±0.03 nAChRa4 RATNARAA 0.18±0.01 0.65±0.04 0.78±0.08 0.67±0.06 0.69±0.01 0.62±0.03 0.48±0.01 0.27±0.07 0.27±0.05 nAChRa5 RATNACHRR 0.15±0.06 0.16±0.06 0.03±0.03 0.08±0.01 0.05±0.02 0.11±0.01 0.11±0.02 0.00±0.00 0.00±0.00 nAChRa6 RATNARA6S 1.96±0.21 0.45±0.28 0.49±0.19 3.75±0.29 4.19±0.72 3.94±0.26 3.11±0.53 3.83±0.17 2.09±0.13 nAChRa7 RATNARAD 0.03±0.03 0.08±0.03 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 nAChRd RNZCRD1 0.00±0.00 0.00±0.00 0.26±0.03 0.07±0.05 0.00±0.00 0.01±0.01 0.00±0.00 0.00±0.00 0.04±0.03 nAChRe RNACRE 0.16±0.04 0.12±0.04 0.92±0.25 2.47±0.13 2.77±0.04 2.86±0.13 3.47±0.12 3.56±0.28 1.90±0.23 mAChR2 BOVMRM2SUB 0.06±0.01 0.10±0.03 0.16±0.01 0.28±0.08 0.56±0.02 0.55±0.04 0.21±0.12 0.22±0.16 0.06±0.01 mAChR3 RATACHRMB 0.20±0.06 0.14±0.01 0.06±0.04 0.14±0.04 0.32±0.01 0.34±0.02 0.44±0.03 0.69±0.03 0.41±0.04 mAChR4 RATACHRMD 0.11±0.01 0.24±0.05 0.40±0.04 0.54±0.02 0.71±0.02 0.70±0.05 0.50±0.15 0.45±0.11 0.21±0.03 5HT1b RAT5HT1BR 0.00±0.00 0.00±0.00 0.12±0.03 0.62±0.07 0.77±0.04 0.86±0.07 1.06±0.05 0.97±0.04 0.87±0.04 5HT1c RATSR1CA 0.16±0.03 0.11±0.02 0.47±0.02 0.88±0.04 1.09±0.02 0.91±0.05 0.86±0.00 0.70±0.13 0.59±0.03 5HT2 RATSR5HT2 0.04±0.01 0.04±0.02 0.15±0.05 0.22±0.01 0.22±0.04 0.29±0.08 0.21±0.02 0.05±0.01 0.01±0.01 5HT3 MOUSE5HT3 0.21±0.04 0.42±0.01 0.10±0.02 0.14±0.00 0.13±0.00 0.17±0.02 0.12±0.02 0.25±0.04 0.71±0.09 NGF RNNGFB 1.53±0.23 2.42±0.28 1.81±0.12 0.87±0.06 1.17±0.25 0.79±0.12 0.00±0.00 0.12±0.08 0.88±0.05 NT3 RATHDNFNT 0.42±0.03 0.64±0.09 0.41±0.04 0.61±0.00 0.64±0.01 0.54±0.03 0.38±0.07 0.35±0.15 0.28±0.04 BDNF rat BDNF D 0.87±0.08 0.90±0.03 0.37±0.05 0.35±0.04 0.55±0.17 1.03±0.20 1.18±0.06 1.23±0.11 1.36±0.17 CNTF RNCNTF 0.00±0.00 0.22±0.06 0.74±0.05 0.14±0.06 0.05±0.01 0.07±0.04 0.05±0.03 0.03±0.03 0.00±0.00 trk RATTRKPREC 0.14±0.02 0.24±0.07 2.54±0.62 1.03±0.27 1.31±0.10 1.36±0.06 1.44±0.09 1.27±0.16 1.50±0.14 trkB RATTRKB1 0.18±0.06 0.51±0.04 1.22±0.28 0.86±0.16 1.00±0.10 1.18±0.05 0.91±0.07 1.20±0.10 1.20±0.17 trkC RATTRKCN3 1.34±0.22 1.51±0.15 1.52±0.07 1.41±0.06 1.58±0.12 1.43±0.06 1.28±0.04 1.33±0.01 1.50±0.17 CNTFR S54212 2.11±0.06 3.11±0.57 2.46±0.39 1.72±0.19 1.35±0.28 1.57±0.07 1.83±0.37 1.47±0.32 0.83±0.15 MK2 MUSMK 2.20±0.12 2.48±0.10 2.76±0.33 2.10±0.18 2.08±0.18 1.94±0.01 2.27±0.16 2.49±0.12 1.75±0.24 PTN RATHBGAM 0.41±0.02 0.36±0.02 0.08±0.03 0.11±0.02 0.22±0.02 0.22±0.04 0.16±0.02 0.10±0.05 0.05±0.02 GDNF RATGDNF 0.42±0.07 0.55±0.05 0.22±0.05 0.40±0.03 0.63±0.05 0.98±0.04 1.06±0.23 0.21±0.15 1.09±0.09 EGF RATEPGF 0.01±0.01 0.09±0.01 0.11±0.02 0.33±0.04 0.58±0.10 0.72±0.11 0.78±0.03 0.78±0.02 1.06±0.06 bFGF RNFGFT 0.02±0.02 0.06±0.00 0.25±0.07 0.33±0.06 0.75±0.04 0.66±0.02 1.08±0.12 1.01±0.04 1.57±0.33 aFGF RNHBGF1 1.10±0.01 0.89±0.05 0.86±0.24 1.04±0.05 1.10±0.02 0.94±0.05 0.97±0.02 1.26±0.12 1.26±0.12 PDGFa RNPDGFACP 0.12±0.09 0.22±0.09 0.12±0.03 0.11±0.05 0.02±0.03 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 PDGFb RNPDGFBCP 1.38±0.24 2.41±0.08 1.65±0.16 2.51±0.47 5.05±0.30 3.94±0.21 4.60±0.13 3.83±0.21 1.32±0.16 EGFR RATEGFR 1.05±0.11 0.97±0.11 0.64±0.00 0.79±0.13 0.92±0.08 0.90±0.01 0.80±0.03 0.88±0.03 0.93±0.04 FGFR RATFGFR1 0.49±0.08 0.60±0.01 0.59±0.03 0.19±0.01 0.19±0.07 0.19±0.02 0.19±0.05 0.17±0.04 0.30±0.02 PDGFR RNPDGFRBE 0.71±0.05 0.97±0.07 1.19±0.09 0.86±0.06 0.68±0.07 0.67±0.03 0.81±0.04 0.97±0.07 0.97±0.03 TGFR RATTGFBIIR 0.03±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 Ins1 RNINS1 1.43±0.06 1.22±0.01 1.02±0.07 1.02±0.07 1.05±0.12 0.93±0.18 0.92±0.16 0.67±0.12 1.40±0.38 Ins2 RNINS2 1.00±0.03 1.27±0.10 1.18±0.08 1.10±0.03 1.30±0.12 1.26±0.04 1.03±0.02 1.02±0.01 1.05±0.13 IGF I RATIGFIA 1.03±0.02 1.15±0.08 0.97±0.05 0.90±0.05 0.62±0.06 0.65±0.02 0.50±0.01 0.46±0.08 0.22±0.01 IGF II RATGFI2 0.74±0.05 0.73±0.00 1.09±0.12 1.06±0.20 1.11±0.04 1.07±0.03 0.88±0.11 0.36±0.08 0.41±0.05 InsR RATINSAB 1.50±0.18 1.22±0.09 1.95±0.31 1.20±0.28 1.01±0.13 1.18±0.10 0.75±0.04 1.10±0.32 1.16±0.19 IGFR1 RATIGFI 1.54±0.06 1.07±0.19 1.33±0.13 1.12±0.18 0.86±0.07 0.79±0.04 0.65±0.06 0.48±0.02 0.43±0.11 IGFR2 MMU04710 1.94±0.07 1.90±0.23 1.97±0.01 2.06±0.09 2.20±0.28 2.17±0.35 1.53±0.14 0.76±0.12 1.36±0.19 CRAF RATRAFA 0.98±0.10 0.80±0.03 0.62±0.08 0.66±0.10 0.68±0.07 0.80±0.03 0.79±0.03 1.13±0.08 0.68±0.07 IP3R1 RATI145TR 0.97±0.09 0.84±0.01 1.32±0.10 1.25±0.01 1.38±0.04 1.26±0.02 1.64±0.09 1.90±0.09 2.02±0.18 IP3R2 RNITPR2R 0.24±0.03 0.28±0.04 0.24±0.04 0.19±0.03 0.34±0.04 0.39±0.01 0.14±0.01 0.11±0.00 0.07±0.04 IP3R3 RATIP3R3X 2.44±0.43 2.21±0.20 2.36±0.44 2.10±0.14 2.33±0.10 1.87±0.05 1.97±0.20 1.55±0.12 1.53±0.35 cyclin A RATPCNA 1.79±0.19 1.80±0.32 1.81±0.18 0.88±0.09 0.94±0.20 0.85±0.11 0.76±0.05 0.42±0.06 0.03±0.04 cyclin B RATCYCLNB 1.73±0.13 1.88±0.20 1.76±0.13 1.99±0.11 1.86±0.07 1.76±0.06 1.62±0.07 1.36±0.11 1.65±0.43 H2AZ RATHIS2AZ 0.00±0.00 0.02±0.02 0.76±0.07 0.98±0.03 1.33±0.21 1.33±0.19 1.30±0.14 1.16±0.19 1.35±0.20 statin RATPS1 0.33±0.17 0.66±0.02 0.70±0.05 0.49±0.06 0.64±0.09 0.57±0.06 0.59±0.09 0.72±0.04 1.42±0.37 cjun RNRJG9 0.17±0.06 0.16±0.10 0.29±0.02 0.46±0.00 0.54±0.14 0.87±0.05 0.58±0.07 0.52±0.09 1.48±0.20 cfos RNCFOSR 0.96±0.05 1.19±0.08 0.72±0.06 0.79±0.01 0.65±0.14 0.60±0.05 0.40±0.02 0.49±0.03 0.32±0.04 Brm (I I) 1.36±0.09 1.28±0.06 1.30±0.04 1.33±0.11 1.48±0.06 1.51±0.11 1.50±0.02 1.38±0.07 1.09±0.06 TCP (I I) 6.23±0.04 5.52±0.12 5.53±0.39 5.25±0.40 6.54±0.36 7.68±0.14 6.81±0.43 6.51±0.38 7.41±0.13 actin RNAC01 1.41±0.11 0.88±0.06 0.89±0.11 0.73±0.05 0.93±0.06 1.44±0.07 1.10±0.20 1.02±0.08 1.55±0.16 SOD RNSODR 2.65±0.09 2.18±0.21 2.36±0.14 3.15±0.32 2.41±0.11 2.29±0.13 2.52±0.25 2.03±0.06 2.42±0.59 CCO1 RATMTCYTOC 3.27±1.23 1.86±0.25 1.74±0.05 2.47±0.22 1.86±0.10 1.94±0.20 2.46±0.46 1.77±0.09 2.28±0.11 CCO2 RATMTCYTOC 2.70±0.28 2.69±0.12 1.81±0.29 1.94±0.11 2.35±0.12 1.97±0.19 1.74±0.01 1.10±0.08 0.82±0.23 SC1 RNU19135 2.20±0.09 1.81±0.12 3.10±0.37 3.24±0.44 4.31±0.69 3.05±0.14 3.19±0.21 2.79±0.30 1.52±0.35 SC2 RNU19136 0.36±0.04 0.35±0.05 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 0.00±0.00 SC6 RNU19140 0.53±0.04 0.73±0.06 1.56±0.30 1.34±0.15 1.15±0.25 0.92±0.13 0.48±0.03 0.30±0.04 0.25±0.02 SC7 RNU19141 1.68±0.04 1.55±0.09 1.74±0.12 1.79±0.18 1.82±0.06 1.69±0.01 1.61±0.03 1.94±0.26 2.47±0.13 DD63.2 (I I)